但公司只愿意按五千的基数缴社保，是否合法？

公司按五千基数缴社保不合法，应依工资总额确定。依据《社会保险法》，社保基数应与工资总额相关，公司低报基数违反法律规定，可能影响员工社保待遇及未来权益。
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公司低缴社保不合法。处理方式：1.与公司沟通，要求按实际工资缴纳社保；2.若公司拒绝，向社保部门举报并提供工资证明；3.社保部门未处理或处理不当，可寻求法律援助或提起诉讼。
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处理方式有与公司协商、向社保部门投诉、法律途径维权。可先尝试与公司沟通协商，无果后向当地社保部门投诉，必要时通过法律手段维护自身权益。